از آنجاییکه رطوبت محیط بسیاری از کشورهایی که تولید قهوه دارند خیلی بالا هست ، پروسه ذخیره سازی این دانه با مشکلاتی مواجه می باشد ، این موضوع آلودگی کپکی و قارچی را افزایش می دهد ، آلودگی قارچی معمولا هنگامی رخ می دهد که دانه های قهوه یی که بطور کامل و صحیح خشک نشده اند در جایی که هیچ جریان هوایی وجود ندارد ذخیره شوند. برعکس در کشورهایی که دارای آب و هوای گرم و خشک هستند ریسک خشکی بسیار زیاد نیز وجود دارد که علت این خشکی می تواند دمای بسیار بالا و جریان باد باشد ، رطوبت خیلی زیاد و یا خیلی پایین می تواند باعث صدمه زدن به دانه قهوه باشد ، پارشومنت دانه در اینجا تا حدودی می تواند بعنوان یک محافظ عمل کند ، خیلی مهم است که گیلاس قهوه و یا دانه دارای پارشومنت کجا ذخیره می شود.

دانه قهوه مراحل رسیده شدنش را ادامه خواهد داد تا به حد مطلوبی از کیفیت برسد در سیلوهایی که جریان هوای کنترل شده وجود دارد. (سیلوهایی که از چوب ساخته شده اند بسیار مناسب هستند)

طبق استاندارد سازمان جهانی قهوه، دانه های قهوه سبز می بایست در رطوبتی بین 11 تا 12.5 درصد انبار شوند، اگرچه بسیاری از تولید کنندگان قهوه رطوبت 10 تا 10.5 را ترجیح می دهند.

صرفنظر از میزان دقیق رطوبت، ثبات آن در مدت زمان نگهداری بسیار مهمتر می باشد.