دانه های قهوه قبل از اینکه وارد پروسه حمل و نقل گردند و درون بسته بندیهای مخصوص قرار بگیرند باید طبقه بندی و آماده شوند. ابتدا باید اجسام خارجی درشت و  عناصر فلزی که طی پروسه خشک کردن با دانه ها مخلوط شده اند ، خارج شوند. سنگها در دستگاهها و غربالهایی که مخصوص جداسازی بوده بر اساس نیروی جاذبه از مخلوط دانه ها جدا می شوند. در طی مرحله بعد دانه هایی که به خوبی رشد پیدا کرده و کامل شده اند از دانه هایی که هنوز رشدشان کامل نیست و سبک هستند جدا می شوند.

دانه های قهوه به منظور تفکیک روی تخته هایی که دارای لرزش (ویبره) هستند قرار می گیرند ، آنهایی که سنگین تر هستند به یک طرف صفحه و آنهایی که سبک تر هستند به طرف دیگر می روند در اینجا جریان هوایی که از زیر می وزد به دانه های سبک تر کمک قابل توجهی کرده و آنها را از دانه های سنگین جدا می کند.

در مرحله بعد دانه ها بر  اساس اندازه شان (mm 8-4) و همچنین شکل ظاهریشان که مسطح هستند و یا گرد جدا سازی می شوند . می توانند دانه ها را بصورت درهم به خریدار پیشنهاد داده و یا اینکه بصورت کاملا تفکیک شده به فروش برسانند.(این قضیه بر اساس تقاضای بازار و همچنین اشخاصی که معامله را انجام می دهند شکل خواهد گرفت) .

گاهی اوقات دانه های قهوه را به منظور اینکه ظاهری یکدست تر و یکنواخت تر داشته باشند اندکی مالش می دهند (پولیش) ، قسمتهای بزرگی از سطح دانه (اپیدرم) در دستگاه هایی که حالت چرخشی دارند به یکدیگر سابیده میشوند همچنین دیواره های این دستگاه از جنس فلزی سبک می باشد مثل برنز و فسفات برنز تا حداقل آسیب  به سطح خارجی دانه ها وارد شود. دانه های قهوه سپس توسط دستگاه فتو اپتیکال نیز جداسازی و طبقه بندی می شوند ، دانه هایی که تیره هستند از میان دانه ها خارج می شوند ، قهوه های درجه 1 و با کیفیت معمولا چندین بار توسط دست جداسازی می شوند.